Sejarah pembentukan Kalurahan Sindumartani tidak terlepas dari reorganisasi yang dilakukan oleh Pemerintah Kasultanan Yogyakarta. Kalurahan Sindumartani terdiri dari tiga Kalurahan lama yakni pertama, Kalurahan lama Pencar Sari (register 138) dipimpin seorang Lurah bernama Atmo Dimejo yang membawahi wilayah Padukuhan Jelapan, Pencar, Morangan dan Kentingan. Kedua, Kalurahan lama Jambu Sari (register 135) dipimpin Lurah Mangun Sastro yang membawahi wilayah Padukuhan Tambakan, Kejambon Lor dan Kejambon Kidul dan Ketiga, Kalurahan lama Joho Sari (register 133) dipimpin Lurah Prawiro Yudo yang membawahi wilayah Padukuhan Ngasem, Koripan, Bokesan dan Kayen.
Pada tahun 1946 ketiga Kalurahan tersebut digabung menjadi satu yang diberi nama Kalurahan Sindumartani (register 62). Bertepatan pada tahun tersebut Ngarso Dalem Sultan Hamengkubuwono IX melakukan modernisasi birokrasi pemerintahan Yogyakarta.
Modernisasi dengan penggabungan Kalurahan yang diistilahkan blengketan yang dilakukan di Kabupaten Sleman semula terdiri dari 262 Kalurahan menjadi 86 Kalurahan/ Desa. Hasil pengabungan ini kemudian dikukuhkan dengan Maklumat Sultan Nomor 5 Tahun 1948 tanggal 19 April 1948, Sindumartani salah satu Kalurahan dari 86 tersebut, dipimpin oleh Raden Wedo Wiyono (Pj. Lurah). Hingga saat ini Pemerintah Kalurahan Sindumartani selalu memperingati berdirinya tiap tanggal 20 Mei karena berdasarkan awal bergabungnya sebelum resmi ditetapkan sesuai dengan Maklumat Sultan Nomor 16 Tahun 1946 tanggal 11 April 1946 tentang Perubahan Struktur Pamong di Kalurahan. Selanjutnya Lurah yang pernah memimpin yakni :
- Lurah I : Bpk. Prapto Diharjo (1950 – 1986)
- Lurah II : H. Wasul Fatoni ( 1988 – 1996 )
- Kades III : Bpk. H. Hartono (1998 – 2013 )
- Kades IV : Bpk. Midiyono (2013 – 2019)
- Lurah V : Bpk. Drs. H. Anang Zamroni, MSI (2019 – Sekarang)
Terkait dengan administrasi pemerintahan, wilayah Kalurahan Sindumartani terbagi ke dalam wilayah Padukuhan, RW dan RT. Adapun jumlah RT dan RW sebagaimana tercantum sebagai berikut :
